NDS游戏机拥有丰富多样的实用工具软件，在烧录方面，R4烧录卡软件能让玩家便捷地将游戏ROM存入烧录卡，且具备简易文件管理功能，而DSTT烧录卡软件除基本烧录外，支持多种存档格式，界面简洁易上手 。模拟器软件领域，NO$GBA兼容性强，可在电脑模拟NDS运行环境，玩家能依电脑配置调整游戏画面参数以优化视觉体验；DeSmuME模拟效果出色，支持多人联机模拟，还具备录像与截图功能，极大提升游戏趣味性与互动性 。金手指软件中，CodeBreaker界面直观，输入代码能修改游戏参数，如角色生命值等，还有预设代码列表可供选择，Action Replay不仅支持实时编辑与保存代码，在游戏中能随时修改且立即生效，还具备代码搜索功能。存档管理方面，NDS存档管理器可备份、恢复存档，部分还支持存档编辑，全方位满足NDS玩家在烧录、模拟、修改及存档管理等多方面需求 。